Presbítero de la Orden de los Carmelitas y doctor de la Iglesia, el cual, por consejo de santa Teresa, fue el primero de los hermanos que emprendió la reforma de la Orden, empeño que sostuvo con muchos trabajos, obras y ásperas tribulaciones, y como demuestran sus escritos, buscando una vida escondida en Cristo y quemado por la llama de su amor, subió al monte de Dios por la noche oscura, descansando finalmente en el Señor, en Úbeda, de la provincia de Jaén.
Patrón de la teología mística y de los poetas en español
Era hijo de Gonzalo de Yepes y de Catalina Álvarez, tejedores de buratos. El padre y el hermano pequeño, Luis, mueren cuando Juan tiene sólo tres años, por lo que la madre y los dos hijos restantes (Francisco y el propio Juan) se ven obligados por la acuciante pobreza (las penalidades pasadas hicieron de Juan un hombre de escasa corpulencia, bastante bajo de estatura (Santa Teresa lo llamaba «mi medio fraile»)) a trasladarse primero a Arévalo (donde viven durante cuatro años) y en 1551 a Medina del Campo.
Allí, aliviados algo por el incremento de fortuna que les ha reportado el matrimonio del hermano mayor, se instalan definitivamente. Juan, gracias a su condición de pobre de solemnidad, puede asistir al Colegio de los Niños de la Doctrina, privilegio que le obliga a realizar ciertas contraprestaciones, como asistir en el convento, la ayuda a Misa y a los Oficios, el acompañamiento de entierros y la práctica de pedir limosna. La mínima formación recibida en el colegio le capacitó para continuar su formación en el recién creado (1551) colegio de los jesuitas, que le dieron una sólida base en Humanidades. Como alumno externo y a tiempo parcial, debía compaginar sus estudios con un trabajo asistencial en el Hospital de Nuestra Señora de la Concepción de Medina, especializado en la curación de enfermedades venéreas contagiosas.
Así, pues, entre 1559 y 1563, estudia con los jesuitas; durante los primeros tres años, recibe la formación según la novedosa ratio studiorum, en la que el latín era la base de todos los estudios; en el cuarto año, aparte de recibir formación en retórica, aprende a escribir en latín, a construir versos latinos y a traducir a Cicerón, César, Virgilio, Ovidio, Marcial y Horacio. Simultáneamente, vive las nuevas corrientes del humanismo cristiano, con estilo y comportamientos renovados en la pedagogía.
A los veintiún años, en 1563, ingresa en los Padres Carmelitas de Medina (orden de los Carmelitas), adoptando el nombre de fray Juan de Santo Matía. Tras realizar el noviciado entre 1563 y 1564 en el convento de Santa Ana, se traslada a Salamanca donde estudiará en el Colegio de San Andrés de los Cármenes entre 1564 y 1567 los tres cursos preceptivos para bachillerarse en Artes. Durante el tercer curso, fue nombrado, por sus destrezas dialécticas, prefecto de estudiantes en el colegio de San Andrés.
En 1567 regresa a Medina del Campo por unos pocos días para ser ordenado presbítero y celebrar su primera misa en presencia de su hermano, del resto de su familia y de sus amigos del convento. Allí conocerá a Teresa de Cepeda y Ahumada, futura Santa Teresa de Jesús, que había llegado a la ciudad para fundar una nueva sede de su Reforma Carmelita, los llamados carmelitas descalzos. Teresa convence a Juan y lo une a su causa de reforma de los Carmelitas. Esta orden reformada tropezó con una gran hostilidad por parte de los carmelitas calzados.
Juan regresa a Salamanca e inicia estudios de Teología durante el curso 1567-1568, pero solo realiza un curso, cuando los preceptivos hubieran sido cuatro, por lo que no obtuvo ni siquiera el grado de bachiller.
En agosto de 1568 abandona Salamanca para acompañar a Teresa en su fundación femenina de Valladolid.
El 28 de noviembre de 1568 funda en Duruelo el primer convento de Descalzos de la rama masculina del Carmelo Descalzo siguiendo la Regla Primitiva, esto es, un establecimiento que propugna el retorno a la práctica original de la Orden; en la ceremonia, cambia su nombre por el de fray Juan de la Cruz. En 1570 la fundación se trasladó a Mancera, donde Juan desempeño el cargo de Subprior y Maestro de novicios; tras una estancia en Pastrana para poner en marcha su noviciado, se establece en 1571 en Alcalá de Henares, como Rector del colegio recién fundado.
Juan se convierte en uno de los principales formadores para los nuevos adeptos a esta reforma carmelitana. En 1572, Juan de la Cruz viaja, a invitación de Teresa de Jesús, al Convento de la Encarnación, en donde asumirá las tareas de Vicario y Confesor de las monjas. Permanecerá aquí hasta finales de 1577, por lo que acompañará a la madre Teresa a la fundación de diversos conventos de Descalzas, como el de Segovia.
Durante este periodo, en el seno de la Orden del Carmen se habían agravado los conflictos jurisdiccionales entre los carmelitas calzados y descalzos, debidos a distintos enfoques espirituales de la reforma; por lo demás, el pleito se enmarcaba también en la confrontación entre el poder real y el pontificio por dominar el sector de las órdenes religiosas. Así, en 1575, el Capítulo General de los Carmelitas decidió enviar un visitador de la Orden para suprimir los conventos fundados sin licencia del General y de recluir a la madre Teresa en un convento. Finalmente, en 1580 el Carmelo Descalzo se erige en Provincia exenta y en 1588 es reconocida como Orden.
En este contexto es en el que se produce el encarcelamiento de Juan de la Cruz, quien ya en 1575 había sido detenido y encarcelado en Medina del Campo durante unos días por los frailes calzados. La noche del 3 de diciembre de 1577 Juan de la Cruz es nuevamente apresado y trasladado al convento de frailes carmelitas de Toledo, donde es obligado a comparecer ante un tribunal de frailes calzados para retractarse de la Reforma teresiana. Ante su negativa, es recluido en una prisión conventual durante ocho meses.
Es durante este periodo de reclusión cuando escribe las treinta y una primeras estrofas del Cántico espiritual (en la versión conocida como protocántico), varios romances y el poema de la fonte.
Tras concienciarse de que su liberación iba a ser difícil, planea detenidamente su fuga y entre el 16 y el 18 de mayo de 1578, con la ayuda de un carcelero, se escapa en medio de la noche y se acoge en el convento de las Madres Carmelitas Descalzas, también en Toledo. Para mayor seguridad, las monjas lo envían al Hospital de Santa Cruz, en el que estuvo mes y medio.
En 1578 se dirige a Andalucía para recuperarse completamente. Pasa por Almodóvar del Campo y luego llega como Vicario al convento de El Calvario en la serranía jienense. Entabla amistad con Ana de Jesús, tras algunas visitas a la fundación de Beas de Segura.
En junio de 1579 se establece en la fundación de Baeza donde permanece como Rector del Colegio Mayor hasta 1582, en que marcha para Granada tras ser nombrado Tercer Definidor y Prior de los Mártires de esa ciudad. Realiza numerosos viajes por Andalucía y Portugal, por razones del cargo. En 1588 es elegido Primer Definidor y Tercer Consiliario de la Consulta, la cual le traslada a Segovia.
Tras un nuevo enfrentamiento doctrinal en 1590, es destituido en 1591 de todos sus cargos, quedando como simple súbdito de la comunidad. Durante su viaje de vuelta a Segovia, cae enfermo en el convento de La Peñuela y es trasladado a Úbeda, donde muere la noche del 13 al 14 de diciembre.
Su sepulcro, un magnífico mausoleo, digno de visita, se encuentra el convento de Carmelitas de Segovia, al pie de las Peñas «rajeras»